Microbiote · Comprendre
Par le Dr Florence Andreani, conseillère scientifique auprès du laboratoire Anacea
On entend partout qu'il faut « prendre soin de son microbiote ». Mais concrètement, à quoi ressemble un microbiote en bonne santé ? Existe-t-il une composition idéale, un « profil type » à atteindre ? La réponse de la science est plus nuancée, et plus intéressante, qu'on ne le pense.
Un écosystème unique… pour chacun
Notre intestin abrite des dizaines de milliers de milliards de micro-organismes : bactéries principalement, mais aussi virus, levures et archées. Cet ensemble, c'est le microbiote intestinal.
Première surprise : il n'existe pas un microbiote idéal unique. Le Human Microbiome Project, un vaste programme de recherche américain, a montré dès 2012 que la composition du microbiote varie énormément d'une personne en bonne santé à l'autre1. Chacun d'entre nous possède une « empreinte » microbienne qui lui est propre, façonnée par sa naissance, son allaitement, son alimentation, ses médicaments, son lieu de vie…
En revanche, les fonctions assurées par le microbiote (digérer les fibres, produire certaines vitamines, dialoguer avec le système immunitaire) sont, elles, remarquablement similaires d'une personne en bonne santé à l'autre. Des « équipes » différentes peuvent accomplir le même travail.
C'est pourquoi les scientifiques ne définissent plus un bon microbiote par une liste précise de bactéries, mais par un ensemble de caractéristiques2,3. En voici quatre.
1
La richesse et la diversité
C'est le critère le plus souvent cité. Un microbiote en bonne santé compte beaucoup d'espèces différentes, qui coexistent en équilibre.
Une étude marquante, menée notamment par l'INRA (aujourd'hui INRAE) et publiée dans Nature en 2013, l'a illustré de façon frappante4. Chez près de 300 adultes, environ 23 % avaient un microbiote « pauvre », avec nettement moins de gènes bactériens. Ces personnes présentaient plus souvent un excès de masse grasse, une résistance à l'insuline, des anomalies du cholestérol et davantage de marqueurs d'inflammation.
Comme dans une forêt, la diversité est une assurance : plus un écosystème est varié, mieux il résiste aux perturbations.
2
Un équilibre entre les grandes familles
Chez l'adulte en bonne santé, deux grands groupes de bactéries dominent largement : les Firmicutes et les Bacteroidetes, qui représentent ensemble environ 90 % des bactéries intestinales2. Viennent ensuite, en plus faible proportion, les Actinobactéries (dont font partie les bifidobactéries), les Verrucomicrobia et les Protéobactéries.
Ces dernières comprennent des bactéries comme E. coli, normalement présentes en petite quantité. Une augmentation marquée des Protéobactéries est souvent considérée comme un signal de déséquilibre, associé à l'inflammation2.
3
La présence de « bonnes ouvrières »
Certaines bactéries reviennent régulièrement dans les études comme associées à une bonne santé :
- Les productrices de butyrate, comme Faecalibacterium prausnitzii, Roseburia ou Eubacterium. Elles fermentent les fibres et produisent du butyrate, le carburant principal des cellules du côlon, qui participe à l'intégrité de la muqueuse intestinale.
- Les bifidobactéries, très présentes chez le nourrisson allaité, qui diminuent souvent avec l'âge.
- Akkermansia muciniphila, qui vit dans la couche de mucus protégeant l'intestin et fait l'objet de nombreuses recherches.
Des chercheurs de la Mayo Clinic ont même proposé un « indice de santé du microbiote » fondé sur 50 espèces associées à la santé, à partir de plus de 4 000 échantillons5. Un outil de recherche prometteur, mais pas encore utilisable en pratique courante.
4
La stabilité et la résilience
Un microbiote en bonne santé n'est pas figé : il fluctue selon nos repas, notre stress, nos voyages. Ce qui compte, c'est sa capacité à revenir à l'équilibre après une perturbation, par exemple après un traitement antibiotique6.
Cette résilience repose sur la diversité, mais aussi sur la « redondance » : quand plusieurs espèces savent accomplir la même tâche, la perte de l'une d'elles ne met pas tout l'écosystème en péril.
Et avec l'âge ?
Le microbiote évolue tout au long de la vie. Une vaste analyse publiée en 2022 dans Nature Aging, portant sur 21 000 microbiotes de personnes âgées de 18 à 107 ans, a montré qu'avec l'âge, on tend à perdre certaines bactéries associées à la santé et à gagner des bactéries associées aux maladies7. Selon les auteurs, ce glissement prédit mieux un vieillissement en mauvaise santé que la simple mesure de la diversité.
Le microbiote pourrait être l'un des leviers du bien-vieillir, et c'est un levier sur lequel nous avons une prise.
Comment prendre soin de son microbiote ?
La bonne nouvelle, c'est que le microbiote réagit à notre mode de vie. L'étude PREDICT, qui a analysé le microbiote et l'alimentation de plus de 1 000 personnes, a montré que les bactéries associées à de bons marqueurs de santé étaient surtout liées à la consommation d'aliments végétaux variés et peu transformés8.
Le défi
30 végétaux différents par semaine
Dans le projet participatif American Gut, les personnes qui consommaient plus de 30 végétaux différents par semaine avaient un microbiote plus diversifié que celles qui en consommaient moins de 109. Légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, oléagineux, herbes aromatiques, épices : chaque plante différente compte.
En pratique :
- Visez 25 à 30 g de fibres par jour, la nourriture préférée de vos bactéries productrices de butyrate.
- Intégrez des aliments fermentés : yaourt, kéfir, choucroute crue, miso.
- Limitez les produits ultra-transformés et les excès de sucres ajoutés.
- Ne prenez des antibiotiques que lorsqu'ils sont nécessaires, sur prescription médicale.
- Bougez, dormez suffisamment et gérez votre stress : tous ces facteurs influencent l'écosystème intestinal.
À retenir
Il n'existe pas de microbiote parfait, ni de test grand public capable de dire si le vôtre est « bon ». Mais la science converge sur quelques repères : richesse, diversité, présence de bactéries productrices de butyrate, peu de bactéries pro-inflammatoires, et capacité à se rétablir après une perturbation. Et le premier levier pour l'entretenir se trouve dans notre assiette.
Cet article est informatif et ne remplace pas un avis médical. En cas de troubles digestifs persistants, consultez votre médecin. Lien d'intérêt : le Dr Florence Andreani est conseillère scientifique auprès du laboratoire Anacea.
Références
- Human Microbiome Project Consortium. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012;486:207-214. doi:10.1038/nature11234
- Rinninella E, et al. What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. Microorganisms. 2019;7(1):14. doi:10.3390/microorganisms7010014
- Shanahan F, Ghosh TS, O'Toole PW. The Healthy Microbiome — What Is the Definition of a Healthy Gut Microbiome? Gastroenterology. 2021;160(2):483-494. doi:10.1053/j.gastro.2020.09.057
- Le Chatelier E, et al. Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers. Nature. 2013;500:541-546. doi:10.1038/nature12506
- Gupta VK, et al. A predictive index for health status using species-level gut microbiome profiling. Nature Communications. 2020;11:4635. doi:10.1038/s41467-020-18476-8
- Fassarella M, et al. Gut microbiome stability and resilience: elucidating the response to perturbations in order to modulate gut health. Gut. 2021;70:595-605. doi:10.1136/gutjnl-2020-321747
- Ghosh TS, Shanahan F, O'Toole PW. Toward an improved definition of a healthy microbiome for healthy aging. Nature Aging. 2022;2:1054-1069. doi:10.1038/s43587-022-00306-9
- Asnicar F, et al. Microbiome connections with host metabolism and habitual diet from 1,098 deeply phenotyped individuals. Nature Medicine. 2021;27:321-332. doi:10.1038/s41591-020-01183-8
- McDonald D, et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018;3(3):e00031-18. doi:10.1128/mSystems.00031-18
